在文渊阁的八年半中间，北方边防没有发生重大事件，也是申时行引以自豪的政绩。其实当时危机并未消失，只是依靠他处理得当，才未酿成大变。

　　1590年，本朝的一员副总兵李联芳在甘肃、青海交界的地方陷于蒙古军队的埋伏，力战身亡。北京的文官大部分主张应当兴兵讨伐。这时候万历皇帝已很少在公开的场合之下露面，由于这一重大事件，他破例举行早朝，朝罢以后继续和各位大学士讨论对付的办法。万历同意多数廷臣的意见，认为应当采取强硬态度，然而申时行则持有不同见解。

　　申时行的看法是这样的：50年前，北方蒙古各部落在俺答的号召下组织成一个同盟，势力所及，东西连亘两千里，与本朝军队屡屡作战，杀伤军民不计其数。到了1570－1571年冬天，俺答改变宗旨，愿意约束各部不再犯边，而以赏赐给他的津贴和互市的权利作为交换条件。廷臣讨论之后鉴于和平的局面对本朝有利，所以接受了他的提议，还封俺答为顺义王，其他部落首领也分别给予不同的名义。

　　俺答对这修好的条约忠实履行不渝。他去世以后，儿子黄吉台尚能维持现状，到了孙子扯力克，就已经没有约束各部落的能力，全蒙同盟名存实亡。在甘肃、青海间活动的卜失兔和火落赤两部，尤其不受节制，经常向西南方向骚扰。一旦被质问他们就声称是“抢番”，即抢劫这一带的回、藏诸部，而并非侵犯天朝。这种做法使他们既保持了赏赐和互市的利益，又保持了行动的自由。

　　1590年，本朝的一个被称为“方大醉”的下级军官，听到军士报称蒙古骑兵侵掠边境，他就单人独马冲到出事的地方。蒙古人准备答话，此人乃一介武夫，一言不发，举刀就砍。蒙古人在退走时拔箭射中了这位莽汉，致使他第二天创发身死。于是军中群情激愤，坚决要为他报仇。洮泯副总兵李联芳追逐敌军，遇伏阵亡。报告送到北京，议论就哄然而起，大都主张停止互市，出兵作战。顺义王扯力克也作了战争的准备，渡过黄河，即将陷洮河，入临巩。情势如箭在弦上，一触即发。

　　然而在申时行看来，情况并非没有缓和的可能。他不能相信扯力克已经下定了全面战争的决心，因为他的同盟并不团结，并不是每个部落都愿意放弃互市的利益而与本朝作战。如果和平的希望没有断绝就决心接受全面战争，这不能说是明智的办法。边境上发生这样的事件，确实暴露了本朝的弱点，增加了蒙古人的野心。但补救的办法不在于发动战争而在于巩固内部的力量。如果边防军的空额都已补足，各边镇的仓库充实，以游牧民族耳目之灵通，他们是断乎不敢轻易挑衅的。如

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